עד לאחרונה, המשאבים המתכלים שנצרכים מהים, בעיקר דגה למאכל ומקורות אנרגיה כגון נפט וגז, נוצלו בעיקר במדף היבשת (האזור החופי עד לעומק 150-200 מטר). אך בעקבות התמעטות משאבים אלו, מאמצי הכרייה והדיג מופנים כיום לעבר מים עמוקים יותר.
קידוח והפקה של גז ונפט הוא אחד האיומים הסביבתיים הגדולים על הטבע בים העמוק, ומסכן את בתי הגידול וערכי הטבע הנדירים השוכנים בשמורה. לתעשיית הנפט והגז בים העמוק השפעות אקולוגיות משמעותיות, הנובעות מתהליכים הנדסיים בשלבים שונים בתהליך החיפוש וההפקה, הכוללות חיפוש מאגרים, הקמת מתקנים בים, תפעולם השוטף ופירוקם, ואת הפוטנציאל לתאונה בכל אחד מהשלבים הללו .לכן על פעילות זו להיות אסורה בתחום שמורת הפרעת פלמחים. באופן אבסורדי, משרד האנרגיה העניק רישיון חיפוש גז ונפט לחברת 'אנרג'יאן' היוונית, דווקא במרחב הסובב את הפרעת פלמחים!
הפעולה הפיזית של הקידוח מפרה את הקרקע ופוגעת בבית הגידול הרגיש בטווח של מאות מטרים, בעוד השפעה של חומרי הקידוח, רעש, תאורה ועוד מגיעה עד לטווח של מספר קילומטרים. בעלי חיים הניזונים על ידי סינון או ליקוט מהמים כגון האלמוגים ובעלי חיים נוספים המצויים בהפרעת פלמחים, רגישים במיוחד לפגיעה מפסולת הקידוח.
אך הסיכון העיקרי והחמור ביותר של קידוח במרחב הוא כתוצאה מדליפת דלקים (נפט או קונדנסט) והוא אינו זניח כלל. עקב רגישותם הרבה של בעלי חיים ימיים לזיהומים מסוג זה, ובפרט רגישותם של אלמוגים היוצרים את בתי הגידול (גני האלמוגים), גם דליפה קטנה בהיקפה, מסוגלת לגרום לנזק משמעותי לחי הימי. גני אלמוגי עומק תועדו עם נזק כבד בדליפות שאירעו ברחבי העולם, כשהנזק היה כבד במיוחד בטווח של מספר קילומטרים סביב מוקד הדליפה, כפי שנצפה באירוע דליפת הנפט במפרץ מקסיקו ב-2010.
חלק מהמינים הרגישים ביותר לדליפות דלקים חיים גם הם בהפרעת פלמחים, כמו דגי הטונה שהם אחד מהמינים המסחריים הפגיעים ביותר לדליפות, ואלמוגי העומק אשר חשיפה לחומרים בדליפה עלולה להוביל לפגיעה משמעותית בתפקוד וברבייה שלהם.
גם לתהליכים והתשתיות הנלוות לחיפוש והפקה של גז ונפט יש השפעות שליליות רבות על הסביבה הימית בכלל וקרקעית הים בפרט. לצנרת גז ונפט יש השפעה שלילית על הקרקע באתר בו היא מונחת, בקרבה מידית לתשתית, אולם הסיכון המרכזי בה הוא סכנת תקלה ודליפה. סקרים סיסמיים המשמשים לחיפושי גז ונפט בים מייצרים זיהום רעש ופיצוצים שעוברים למרחקים גדולים בתווך המימי, ומשפיעים בצורה דרמטית על מרבית החיות בים, מיונקים ימיים וצבים, דרך דגים, דיונונים ותמנונים, ועד לחסרי חוליות המהווים את הבסיס למארג המזון הימי, כמו זואופלנקטון, צדפות, סרטנים, ולארוות (דרגות צעירות) של חיות ימיות. לכן, על פעילות זו להיות אסורה, ככלל, בתחום שמורת הפרעת פלמחים.
דיג הוא פעולה הפוגעת ישירות בבעלי החיים ובבתי הגידול בסביבה הימית, ולכן הוא אסור בשמורות הטבע בישראל בכלל ועליו להיות אסור בשמורת הפרעת פלמחים בפרט. דיג הוערך כגורם הסיכון החמור ביותר לאלמוגי עומק בים התיכון ולמיני דגים כמו כרישים, בטאים וטונה כחולת סנפיר.
דיג מכמורת הוא שיטת דיג לא סלקטיבית, במסגרתו נגררת רשת דיג על קרקעית הים וגורמת לפגיעה מהותית בבעלי חיים באזור הקרקעית ובבית הגידול שלהם. השפעות דיג המכמורת חמורות במיוחד בסביבת הים העמוק, בו היצרנות הראשונית ותהליכי ההתחדשות הם איטיים במיוחד. למעשה, גרירה של רשת מכמורת על מבנים כמו גני אלמוגים ותצורות סלעיות היא בלתי הפיכה, ומותירה את בית הגידול והשטחים הסמוכים לו, ללא יכולת שיקום מעשית. בנוסף לפגיעה הישירה של הרשת בבית הגידול, היא גורמת להרחפת חול אשר יכולה ליצור "ענן" ברוחב של מאות מטרים, אשר פוגע גם באזורים סמוכים שלא בוצע בהם דיג ישירות. ההרחפה עלולה לפגוע ביכולת האכילה של בעלי חיים שמסננים את מזונם מהמים, כמו אלמוגים ואף בעקבות שחרור למים של חומרים רעילים שהצטברו בקרקעית.
שיטה נוספת הפוגעת בים העמוק היא דיג במערכי קרסים של קילומטרים רבים (long-line) שמסכן גם את תשתית בתי הגידול הרגישים בהפרעת פלמחים ברמה המבנית, וגם את בעלי החיים השוכנים בהם ובגוף המים שמעליהם. מחקרים תיעדו אלמוגי עומק שמסובכים במערכי קרסים (20% מציוד דיג של מערכי קרסים אובד ושוקע לקרקעית) ומקרים רבים בהם המערכים העלו שלל לוואי של אלמוגי עומק. לכן, ציוד זה דורג כבעל פגיעה משמעותית במגוון הביולוגי.
גם דיג בים הפתוח (למשל באמצעות מערך קרסים צף) נמצא כמסוכן עבור מערכות אקולוגיות של קרקעית הים, כאשר מדובר על סביבה של בתי גידול מורכבים כמו גני אלמוגים, נביעות וסלעים ואזורי רבייה – כולם מאפיינים את השמורה המוצעת.
מעבר לפגיעה בבתי הגידול בקרקעית, דיג במערך קרסים (שקוע או צף) אינו דיג סלקטיבי, ופוגע רבות בבעלי חיים כמו כרישים, בטאים ויונקים ימיים הנתפסים כשלל לוואי. לדוגמה, בסקירת שלל של 27 מערכי חכות במערב הים התיכון, נתפסו 75 כרישים, 1198 טריגונים ו- 4 צבי ים חומים – כולם מיני דגל שאינם מיני המטרה של הדיג. עם זאת, אותם מערכי חכות תפסו רק כ-391 פרטים של דגי המטרה: טונה כחולת סנפיר ודגי חרב.
