ככלל, דיג הקפה נחשב כשיטת דיג שאינה מאוד פוגענית לסביבה, מכמה סיבות:
- היא מכוונת לדיג פלאגי, בגוף המים, ולכן לא אמורה לפגוע בתשתית בית הגידול
- הרשת מקיפה להקת דגים ולכן אמורה להיות יחסית סלקטיבית, כלומר להעלות ברשת דגי מטרה בלבד ולא מינים אחרים.
אולם, גם לשיטה זו יש השפעות אקולוגיות שליליות:
1. פגיעה בכמויות הדגה – בשיטת דיג זו, שבה להקות שלמות עולות ברשת, אפילו אירוע דיג בודד יכול להביא ללכידתם של כמויות דגים עצומות, ולהוביל לירידה במצאי הדגה.
2. פגיעה בטורפי על – תחרות על מזון מצד דייגי הקפה נחשבת לאחד מגורמי הפגיעה המרכזיים בדולפיני הים התיכון: בים התיכון (לא בישראל) תועד לחץ דיג כבד מצד דייגי הקפה על אוכלוסיות של דגים פלאגיים (דגי ים פתוח) קטנים כגון סרדינים ואנשובי, הוביל לפגיעה חמורה בדולפינים, שזהו מזונם העיקרי (Piroddi et al 2011).
3. שלל לוואי – למרות שדיג הקפה נחשבת לשיטת דיג יותר סלקטיבית משיטות אחרות (כגון דיג מכמורת או רשתות עמידה), עדיין נתפסים בשוגג בשיטה זו דגי סחוס, יונקים ימיים וצבי ים, כמו גם מינים חסרי ערך מסחרי. סקירת שלל רשתות הקפה במערב הים התיכון העלתה כי כ-7.5% מהשלל הנלכד מוגדר כשלל לוואי. בישראל הוערך כי בדיג הקפה נלכדים כ-67 צבי ים בשנה.
4. פגיעה בקרקעית – בדיג הקפה במים רדודים (כמו שמתרחש לעיתים בישראל) הרשת עלולה לפגוע בקרקעית ולעקור צמחים ימיים (אצות) או חסרי חוליות נייחים (אלמוגים/ספוגים). פגיעה במינים אלו אשר יוצרים בית גידול בעצמם (יערות אצות או שוניות אלמוגים), ובמקרים רבים בעלי קצב גידול איטי, עלולה לפגוע בשורה ארוכה של בעלי חיים התלויים בהם למחסה או מזון.
דיג הקפה במים רדודים אף פוגע בדגיגים צעירים, המתרכזים במים הרדודים כאזור אומנה. בכדי למנוע את הפגיעה בקרקעית הים, יש למנוע דיג הקפה במים רדודים, בדומה לתורכיה, שבה דיג הקפה נאסר במים שעומקם פחות מ- 24 מטר. איסור זה נחשב לאפקטיבי ביותר באישוש אוכלוסיות בדגים המקומיות (Ünal & Kizilkaya 2019).
