האורגניזמים הדומיננטיים בסביבה זו הם הספוגים. בעלי חיים אלו ניזונים ע"י סינון חלקיקי מזון מהמים: אצות חד תאיות (פיטופלנקטון), חיידקים וחלקיקי חומר אורגני אחרים משמשים להם כמזון. תאים מיוחדים שיוצרים תת-לחץ, גורמים לשאיבת מים דרך מערכת של נקבוביות ותעלות בגוף הספוג (מכאן שמם), אל חללי סינון ייעודיים ששם המזון נלכד. התווך בין התעלות וחללי הסינון מורכב בעיקר מסיבים חלבוניים, כשבינהם או בתוכם נעוצות מחטי שלד (מגיר או צורן). תווך זה מעניק יציבות וקשיחות כנגד זרמי הים ותנועת בע"ח אחרים.
בסקרים שבוצעו בשוניות הספוגים בארץ, התגלו 6 מינים שלא קיימים באזורים אחרים במזרח הים התיכון כלל. בנוסף, התגלו מינים שנחשד כי נעלמו מחופי ישראל, על כן מעריכים כי שוניות הספוגים העמוקות מהוות אזורי מקלט (refuge) למינים רבים ששינויים סביבתיים כגון שינויי אקלים, הפכו את התנאים במים הרדודים ללא ראויים עבורם.
הסקרים גילו גם עולם חי עשיר ושוקק בשוניות אלו: בעלי חיים כגון תולעים שטוחות ורב זיפיות, סרטנים, קווצי עור ולהקות דגים רבות נצפו באתרים אלו, כמו גם תמנונים ודיונונים ששוניות הספוגים משמשות להם כבית אך גם כאזורי רבייה. בנוסף, ריכוזים של חשופיות – חלזונות ללא קונכיה, מהיצורים היותר צבעוניים ומרשימים בים, נראו בינות הספוגים.
