שונית הכורכר היא בית הגידול בעל המגוון הביולוגי הגבוה ביותר בים התיכון. המורכבות הגבוהה יוצרת שפע של נישות אקולוגיות המאוכלסות במינים שונים של בעלי חיים וצמחים. האזורים החשוכים בשונית (מערות, גומחות, סדקים) נשלטים לרוב על ידי חסרי חוליות מרפדים כדוגמת ספוגים, חי-טחבים ואצטלנים, ומספקים מסתור לדגים רבים (פעילי לילה מוצאים בהם מחסה בשעות היום, ולהיפך). גם חסרי חוליות גדולים כגון תמנונים, מלפפוני ים ולובסטרים (כפן גושמני) מוצאים מחסה בנישות הנסתרות.
אצות דומיננטיות באזורים החשופים יותר, כשהמינים הנפוצים יותר הם סרגסון, אוזן הים (פדינה) וגנית מאדימה (ג'ניה). בעונת האביב האצות יוצרות מרבדים נרחבים שמספקים מחסה נוסף ומזון לבעלי חיים רבים. מרבדים אלו משמשים שטחי אימון (nursery grounds, אזורי גידול דגיגים צעירים) למיני דגים רבים. בנוסף לאצות, גם צדפות נפוצות באזורים אלו, לעיתים בצפיפויות גבוהות מאוד. חשוב לציין כי לחלק מהאורגניזמים הקיימים בשונית, כגון חלק ממיני האצות או הצדפות, יש שלד גירני קשיח שנשאר מחובר למצע לאחר מות האורגניזם. במידה ומדובר באורגניזמים שכיחים, התווספות אלמנט זה לשונית (תהליך הנקרא "בנייה ביוגנית") מגדילה את מורכבות המצע ויוצרת נישות אקולוגיות נוספות.
סקרים בחופי ישראל הראו שהדג הנפוץ ביותר הוא כרומית ים תיכונית, דג שונית קטן, החי בלהקות וניזון מפלנקטון. מינים ממשפחת הספרוסיים – סרגוס משורטט, סרגוס כתפי ואובלד שחור זנב נפוצים גם הם. למינים אלו חשיבות אקולוגית רבה כטורפים בשונית. טורפים מרכזיים נוספים הם הדקריים (בעיקר דקר הסלעים ודקרנית אדומת פה) והמוסריים (בעיקר אוכם גדול קוץ). בנוסף לשוכני השונית הקבועים, בעלי חיים רבים מגיעים מסביבות אחרות, כגון הים הפתוח או אזורים חוליים, בכדי להיזון מהשפע שמציעה השונית. בטאים כגון טריגונים מגיעים מאזורים חוליים בכדי לטרוף חסרי חוליות, כמו גם טונות וצניניות שמגיעות מהים הפתוח בכדי לטרוף דגים בשונית. בנוסף, בית גדול זה מהווה אתר תזונה חשוב לצבי ים, שניזונים מאצות וחסרי חוליות.
הרכב החברה בשונית אינו קבוע, הוא משתנה באופן תדיר: בין דרי השוניות בחופינו אפשר למצוא מינים מהגרים רבים, בעיקר מהגרים לספסיים – מינים שהיגרו מים סוף לים התיכון דרך תעלת סואץ. חלקם, הופכים לדומיננטיים ומהווים חלק בלתי נפרד מהשונית הים תיכונית. מבינהם חשוב הזכיר את האצה גלקסאורה, הצדפות בוצית מגוונת, שדרנית קוצנית וחמה פסיפית, והדגים סיכן משוייש וסיכן הודי. אך בעוד מינים מסויימים הופכים לנפוצים, גודל האוכלוסיה של מינים אחרים (בעיקר מינים מקומיים) קטן, ומינים מסויימים אף נעלמו כמעט לחלוטין. קיפודי ים, ארגמונית אדומת פה (מין של חילזון טורף), סלפית זהובת פס (דג ממשפחת הספרוסיים) וצברית מצויה (אצה) היו עד לפני מספר עשורים שכיחים ביותר בחופינו והיום הפכו לנדירים ביותר. שינויים אלו מיוחסים לדחיקה ע"י מינים פולשים ושינוי האקלים – התחממות הים. אולם, האיום הסביבתי החמור ביותר על בית גידול זה הוא דיג יתר – בעשורים האחרונים נרשמה ירידה חדה בצפיפויות וגודל דגים מסחריים בכלל, וטורפים גדולים בפרט.
