במקרים רבים, אורגניזם מסוים (או מספר אורגניזמים) הופכים למאפיין העיקרי של בית הגידול, כגון בע"ח וצמחים היוצרים מבנה מורכב כדוגמת גני ספוגים ואלמוגים או יער אצות. מבנים אלו, שמספקים מחסה ומצע התיישבות לקשת רחבה של יצורים אחרים, מהווים למעשה בית גידול בפני עצמם.
מיפוי שערך המכון לחקר ימים ואגמים, במסגרת סקר סביבתי של משרד האנרגיה, זיהה כ-50 בתי גידול שונים בשטח הים התיכון של ישראל!
בחופי הים התיכון בישראל עיקר הקרקעית מורכבת ממצע רך (חול או טין). סביבה זו מאופיינת בבע"ח בעלי יכולת התחפרות או עגינה בחול כגון אלמוגים רכים, חסילונים, תולעים וצדפות, מהם ניזונים בטאים ודגים אחרים.
מתוך הקרקעית החולית מזדקרים רכסי כורכר (בעיקר במרכז ובצפון הארץ) שיוצרים תשתית סלעית לבתי גידול של מצע קשה – שוניות סלעיות. מצע יציב זה מאפשר לצמחים ובע"ח ישיבים להיאחז בו ומהווה בסיס למערכת האקולוגית העשירה ביותר ביצורים חיים בים התיכון. בשני מקומות בישראל צונחים לתוך הים רכסים של סלע גיר – בראש הכרמל בראש הנקרה. גם אלה מהווים מצע סלעי – מסוג אחר.
קרקעית הים העמוק חשוכה, קרה ותחת לחץ אטמוספרי אדיר, אולם בכל זאת עשירה בחיים שהותאמו לסביבה קיצונית זו. חלקיקי מזון, שאריות של יצורים חיים והפרשות של בעלי חיים אשר שוקעים מהמים העליונים אל עומק הים מקיימים מארג מזון מגוון החל מחסרי חוליות כגון כוכבי ים, אלמוגים ודיונונים ועד לדגי סחוס – כרישים, בטאים וכימרות. בים העמוק מצויה אף מערכת נדירה במיוחד – נביעות מתאן, בהן מארג החיים מבוסס על הפקת אנרגיה מגז הנפלט מהקרקעית – ולא מאנרגית השמש.
מעל כל אלה נמצא הים הפתוח (האזור הפלאגי). בבית גידול זה נוכל למצוא את הפלנקטון – אורגניזמים הנסחפים בזרמים לא יכולת להתנגד להם. החברה הפלנקטונית כוללת מגוון רחב אורגניזמים: מאצות חד תאיות ועד מדוזות, כמו גם את הדרגות הצעירות (לרוות) של מרבית חסרי החוליות והדגים בים. בנוסף נוכל למצוא בים הפתוח את שחייני העל של הים: דגי טונה ודגי חרב.
חשוב לזכור: שלמרות שלכל בית גידול בעלי חיים וצמחים האופייניים לו, מרבית בע"ח תלויים במספר בתי גידול שונים ממספר סיבות:
- בע"ח וצמחים רבים בים עוברים בין בתי גידול שונים במהלך מחזור חייהם.
- דגים רבים מבצעים נדידות יומיות או עונתיות בין בתי גידול שונים לצרכי תזונה ורבייה (כגון בין מים עמוקים למים רדודים או בין אזור חולי ואזור סלעי).
- אורגניזמים רבים תלויים באספקת מזון שמגיעה מבית גידול אחר (לדוגמא חומר אורגני ששוקע מהמים העליונים לים העמוק או תוצרי רבייה משוניות סלעיות שמגיעים לים הפתוח).
על מנת לספק הגנה אפקטיבית לסביבה הימית יש להגן על מגוון רחב ככל שניתן של בתי גידול שונים.
