הספוגים הם בעלי חיים רגישים במיוחד. קצב הגידול שלהם איטי ונע בין 0.001 סמ"ק ל-10 סמ"ק בלבד בשנה. לכן, גם פגיעה חד פעמית תגרום לנזק משמעותי לגני הספוגים. בנוסף, יכולת ההתאוששות שלהם לאחר פגיעה גם היא מוגבלת. בהתחשב בכך שגני הספוגים מרוחקים האחד מהשני, ושתפוצת הלרוות (השלב הצעיר) של הספוגים מוגבלת, שיקומו של גן ספוגים לאחר פגיעה יארך שנים רבות. לכן חשוב במיוחד להגן על גני הספוגים מפני פגיעה הנובעת כתוצאה מפעילות האדם בים.
דיג הוא אחד הפעילויות הפוגעניות ביותר לסביבה הימית. דיג מכמורת אסור כבר היום במרחב השמורה ,אך בהיעדר חובה להתקנת מערכת איכון לוויינית על ספינות המכמורת, ולאור ריחוק השמורה מהחוף, יש קושי לפקח ולאכוף איסור זה בצורה אפקטיבית. דיג בשיטות לא סלקטיביות כמו לונג ליין (מערך קרסים צף), חכות ג'יג ודיג הקפה, פוגע בכל רכיבי המערכת האקולוגית, מנזק ישיר לבעלי החיים וביתם ועד לפגיעה אקולוגית במארג המזון. בנוסף, ציוד דיג שננטש מהווה סכנה לבעלי החיים אשר יכולים להילכד ברשתות או להיפצע מקרסים.
תשתיות וקידוח גז הם איום משמעותי נוסף לשמורה. כלל שלבי חיפוש והפקה של גז ונפט בעלי פוטנציאל פגיעה בטבע הימי בשמורה. בעת קידוח ימי משתחררים למי הים חומרי סיכה המשמשים לקידוח. במידה והקידוח מתבצע קרוב לגן ספוגים, חומרי סיכה אלו עשויים להשפיע כימית ופיזית על הספוגים. בנוסף, הרחפת החול מהקידוח והנחת תשתית עלול לסתום את פתחי כניסת המים שלהם ובכך להוביל למות הספוגים ולהרס בית הגידול. כל זאת כמובן בלי להתייחס לסכנה העיקרית שבתקלה שתביא לאירוע זיהום רחב.
בנוסף לסכנת זיהום שמקורה בפעילות חיפוש והפקת דלקים, גם שיט מנועי יכול להיות מקור משמעותי לזיהום באזור השמורה. שיט מנועי, במיוחד כלי שיט גדולים, עלול להשפיע על המערכות הטבעיות בעקבות זיהום רעש, הסיכון שבתקלה שתביא לנזילת דלק ושמן מהמנוע ואף פגיעה חזיתית בבעלי חיים גדולים.