למרות שבחלקה הוותיק והרדוד של השמורה מתקיימת אכיפה כבר עשרות שנים, השמורה החדשה והמורחבת הייתה נתונה ללחץ דיג כבד במשך שנים רבות. הדיג לא רק פוגע בבעלי החיים המבוקשים (דגי מאכל והלובסטר כפן גושמני) אלא גם במינים חסרי ערך מסחרי, שנלכדים בציוד הדיג בשוגג. חלק משיטות הדיג גם פוגעות בתשתית בית הגידול עצמו כמו למשל דיג המכמורת החורש ופוגע בקרקעית הרכה, ונאסר באזור רק החל משנת 2017 בעקבות תקנות הדיג החדשות. בנוסף, דיג מאסיבי של דגים טורפים, כמו דקרים ומוסרים, גורם לשיבוש מארג המזון ולפגיעה בכיסוי האצות על גבי השוניות הסלעיות.
כיום, הדיג בכל השמורה נאסר, למעט בדיג בחכה מהחוף המותר בחלקה הדרומי בלבד, אך התאוששות החי הימי לאחר הפסקת דיג והתחלת אכיפה לוקחת, על פי הספרות המדעית, מספר שנים, ובד"כ מגיעה לחברת שיא תוך 10 שנים לכל היותר. במקביל לתהליך ההתאוששות של החי הימי לאחר שנות הדיג הארוכות, יש חשיבות רבה לפעילות פיקוח רצופה ויעילה בכל מרחב השמורה, על מנת למנוע אירועי דיג לא חוקי.
בנוסף לדיג יתר המהווה את האיום המרכזי, ישנם איומים רבים נוספים על הטבע בשמורה כגון מינים פולשים, הצטברות פסולת בים העמוק, זיהום, פעולות לחיפוש גז ונפט והנחת תשתיות ועוד.