פגיעה בתשתית בית הגידול גרירת רשת על ידי ספינות המכמורת פוגעת בבית הגידול הימי, בעקבות “חריש” אינטנסיבי של הקרקעית החולית, והסרת כל האורגניזמים החיים עליה, המהווים את התשתית למערכת האקולוגית. ספינת מכמורת אחת, הפועלת בעזרת ציוד מיוחד, גוררת רשת גם באזורים סלעיים, וגורמת לפגיעה בלתי הפיכה לבית הגידול כולו. פגיעה במארג האקולוגי הימי שיטות דיג לא סלקטיביות, כמו המכמורת, פוגעות במיליוני יצורים ימיים אשר אינם מסחריים, המושלכים חזרה לים מתים. בכך נגרע מהמערכת הימית חלק חשוב מהמארג המזין את כלל החיות הימיות (לרבות את הדגה המסחרית). פגיעה בחיות מוגנות למעלה ממאה אלף (!) פרטים של חיות מוגנות (בעיקר כרישים ובטאים) נידוגים כל שנה בישראל. חיות אלה מוגדרות כ״ערכי טבע מוגנים״ בחוק גנים לאומיים ושמורות טבע, 1998. בנוסף, מוערך כי בכל שנה נפגעים בממוצע כ- 3000 (!) צבי ים* וכ- 4 דולפינים** (חיות בר מוגנות על פי חוק הגנת חיית הבר 1955) כתוצאה מפעילויות דיג.
