ימה של קיסריה שוקק פעילות, ומכיוון שכיום אין עליה בקרה מספקת והשטח הימי אינו מנוהל, נגרמים מפגעים לא מעטים.
דיג מסחרי: באזור נמל קיסריה מתנהל דיג מסחרי באמצעות רשתות עמידה ושאראק. רשתות עמידה נפרשות מפני המים עד לקרקעית; שאראק הוא מערך חכות של חוט ארוך עליו תלויים מאות קרסים. הדיג המסחרי שנערך בשטח הגן הלאומי מסכן צוללים ושחיינים ופוגע בערכי הטבע.
רשתות רפאים: רשתות דיג שננטשות שוקעות בקרקעית הים והופכות לרשתות רפאים – מלכודות מוות לצבי ים ולדגים ואף סכנה בטיחותית לצוללים.
דיג ספורטיבי: בנמל קיסריה מתקיימת פעילות של דיג בחכות, בעיקר בשובר הגלים הדרומי של הנמל. מחוץ לנמל מתבצע דיג ספורטיבי מקיאק ודיג בצלילה חופשית ברובי דיג. חכות ורובי דיג מאיימים במיוחד על דגי דקר – מין הדגל בסביבה הימית. קרסים של ציוד מסכנים גם שחיינים, משנרקלים וצוללים, שנאלצים פעמים רבות לשלוף קרסים מחליפות הצלילה, או נמנעים מלהתקרב לאזור שבו מתבצע דיג.
אופנועי ים: בעיה נוספת מציבים אופנועי ים, המשייטים בסביבות הנמל בעיקר בקיץ ומדי פעם בפעם נכנסים לשטח הנמל העתיק. זהו בראש ובראשונה סיכון בטיחותי, אך גם מפגע אקולוגי, מכיוון שכלי שיט מנועיים מייצרים רעש וזיהום ים, המשפיע לרעה על החי הימי ועל חוויית הצלילה.
סירות טורנדו: בקיסריה מתנהל שיט בסירות טורנדו מהירות, המעניקות הפלגת כיף לנופשים באזור. סירות מסוג זה נמצאות במעגנת קיבוץ שדות ים והן אינן נכנסות לנמל העתיק. גם פעילות זו, אם לא תבוקר ותנוהל, עלולה להוות סכנה בטיחותית.
פסולת: פסולת שהצטברה במשך השנים, כמו גם ציוד דיג נטוש, מצויים בשטח הימי ומחייבים פינוי כדי להבטיח חוויה בטוחה ונעימה למבקרים ולצוללים.